Ймовірність важкої коронавірусної інфекції залежить від активності гена, що впливає на противірусний захист легкових клітин.
Тяжкість коронавірусної інфекції COVID-19 залежить від багатьох факторів: від віку (літні переносять її зазвичай гірше, ніж молоді), від підлоги (чоловіки переносять ковид гірше жінок), від супутніх хвороб, від генів. Влітку ми писали, що в нашому геномі є тринадцять ділянок, які явно впливають на ймовірність заразитися SARS-CoV-2 і на те, наскільки важкою виявиться хвороба. Тут коректно говорити саме про ділянки геному, а не про гени, тому що в деяких випадках вийшло встановити тільки зону в тій чи іншій хромосомі, яка впливає на ковид, а ось що саме там знаходиться, ще належить з'ясувати. Тим не менш, у літній статті в Nature йшлося також і про деякі гени, які зуміли визначити в цих дільницях.
У новій статті в Nature Genetics співробітники Оксфордського університету описують ще один ген, який має відношення до важкого ковида. Дослідники вивчали ділянку на третій хромосомі, про яку вже було відомо, що вона вдвічі підвищує ймовірність померти від COVID-19 у людей молодше 65 років. Тобто ця ділянка, звичайно, є у всіх людей, але послідовність генетичних букв там може дещо відрізнятися. І ось у деяких людей ділянка на третій хромосомі виявляється в такому варіанті, при якому течія COVID-19 дуже важка.
Дослідники проаналізували величезну кількість генетичних даних з різних типів клітин і дійшли висновку, що ковидні особливості ділянки третьої хромосоми мають значення для клітин легкового епітелію. Вдалося визначити, що саме робить цю ділянку - вона виявилася енхансером. Так називають послідовності, які не кодують жодних білків, але впливають на активність генів. Без енхансера ген хоча й може працювати, але упівсили. Притому енхансерна послідовність необов'язково знаходиться поруч зі своїм геном - енхансер може відстояти від нього на тисячі нуклеотидів; більш того, у одного енхансера може бути кілька «підопічних» генів, а у одного гена - кілька енхансерів.
У даному випадку мова йде про зв'язку енхансера з геном LZTFL1. Залежно від того, який варіант енхансерної послідовності дістався людині, ковидом вона буде хворіти сильніше або слабкіше. Енхансер важкого ковида зустрічається у 60% корінних жителів Південної Азії, а також їх нащадків в інших частинах світу. Серед людей європейського походження небезпечна послідовність є у 15%, у людей афро-карибського походження - тільки 2%.
Сам ген LZTFL1 мало вивчений, його функції в точності невідомі. Ми знаємо тільки, що від нього залежить, як клітини легких реагують на вірус, але при цьому він не входить до числа імунних генів, які керують запаленням, синтезом антитіл, активністю імунних клітин тощо. Тобто реакція на вакцину від LZTFL1 і його енхансера не залежить. Можливо, вивчивши LZTFL1 краще, ми зможемо створити ліки, які не давали б коронавірусу влаштуватися в легких.